La dottoressa Aki Ross, perseguitata da un incubo ricorrente, impegnata nella ricerca di una possibile arma di difesa contro l'invasione della Terra da parte di una pericolosissima specie di alieni molto simili a dei fantasmi, i Phantoms, il cui contatto letale. Contagiata anche lei da questi alieni si unisce ad una squadra militare, capitanata da Gray Edwards e chiamata 'deep eyes', che si vedr costretta ad andare contro la volont del generale Hein, quando questo opta per una soluzione drastica che potrebbe distruggere completamente la Terra. La pellicola rielabora la teoria di Gaia quale pianeta vivente...
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